Koleksi Sirkulasi
Koleksi umum/sirkulasi merupakan koleksi buku tercetak yang dimanfaatkan di dalam dan di luar area perpustakaan. Dapat diartikan, koleksi sirkulasi bisa dipinjam dan dibaca di luar area perpustakaan.
Koleksi Referensi
Koleksi referensi merupakan koleksi buku tercetak sebagai bahan referensi dan hanya bisa dimanfaatkan di dalam ruang layanan referensi. Artinya, koleksi referensi hanya bisa dibaca di tempat dan tidak boleh dipinjam maupun dibawa pulang.
Koleksi NU Corner
Koleksi NU Corner merupakan koleksi buku tercertak yang mengangkat sejarah, pemikiran, dan nilai-nilai Nadhlatul Ulama sebagai rujukan literasi keislaman moderat dan kebangsaan.
Koleksi Pojok Gus Dur
Koleksi Pojok Gus Dur merupakan karya dan literatur yang merefleksikan pemikiran, nilai kemanusiaan, pluralisme, dan kebangsanaan KH. Abdurrahman Wahid sebagai inspirasi bagi penguatan wawasan keislaman dan kebhinekaan.
Koleksi terbitan berseri merupakan koleksi tercetak yang dalam pengelolaannya diklasifikasikan menjadi: majalah, jurnal, dan koran.
Koleksi muatan lokal merupakan karya ilmiah dari mahasiswa dan dosen UNU Yogyakarta dan hanya bisa dimanfaatkan di dalam area perpustakaan. Koleksi ini berada di ruang layanan Referensi yang dalam pengelolaannya diklasifikasikan menjadi: skripsi, disertasi, dan tesis.