Perpustakaan Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Yogyakarta merupakan sumber belajar dan sumber intelektual yang amat penting bagi sivitas akademika terutama dalam menjalankan tercapainya Tri Dharma Perguruan Tinggi pada khususnya dan bagi warga Nahdlatul Ulama pada umumnya yang berada di Daerah Istimewa Yogyakarta dan sekitarnya. Hal ini sejalan dengan fungsi perpustakaan sebagai sumber dan pusat layanan informasi. 

Sejarah terbentuknya Perpustakaan UNU Yogyakarta tidak dapat terpisahkan oleh lembaga induknya, yaitu Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Yogyakarta yang diresmikan pada tanggal 10 Maret 2017 berdasarkan keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi (Menristekdikti). Perpustakaan secara struktural berada langsung di bawah Rektor resmi berdiri pada tanggal 25 September 2017, beberapa waktu setelah diresmikannya Universitas Nahdlatul Ulama Yogyakarta.

Pada November 2023, Perpustakaan UNU Yogyakarta memasuki fase baru dengan berpindah lokasi ke Kampus Terpadu UNU Yogyakarta di Jl. Ringroad Barat, Banyuraden, Gamping, Sleman, Daerah Istimewa Yogyakarta. Perpindahan ini menjadi tonggak penting dalam perjalanan Perpustakaan UNU Yogyakarta sebagai bagian dari pengembangan institusi menuju kampus terpadu yang representatif. Dengan menempati gedung dan ruang layanan yang lebih memadai, perpustakaan diharapkan mampu menghadirkan suasana belajar yang lebih nyaman, inklusif, dan adaptif terhadap kebutuhan sivitas akademika, sekaligus memperkuat perannya sebagai pusat literasi, informasi, dan aktivitas akademik di lingkungan universitas. 

Tepat 6 November 2025, Perpustakaan UNU Yogyakarta menorehkan tonggak pencapaian strategis dengan meraih akreditasi perpustakaan berpredikat A dari Lembaga Akreditasi Perpustakaan Nasional. Capaian ini mencerminkan keberhasilan perpustakaan dalam membangun tata kelola yang profesional, adaptif, dan berorientasi mutu, sejalan dengan pemenuhan Standar Nasional Perpustakaan. Akreditasi tersebut menjadi bukti nyata konsistensi Perpustakaan UNU Yogyakarta dalam meningkatkan kualitas layanan, pengelolaan koleksi, serta inovasi berbasis kebutuhan sivitas akademika, sekaligus memperkuat posisinya sebagai pusat rujukan literasi dan informasi akademik di lingkungan universitas.